שפכים הם כל נוזל מימי אשר הושפע על ידי גורמים אנתרופוגניים. שפכים כוללים תוצרי פסולת נוזלים ביתיים, עירוניים, חקלאיים או תעשייתיים ויכולים להכיל מספר רב של מזהמים. השימוש הנפוץ במונח שפכים, מתייחס לנוזלים הזורמים במערכות הביוב וההולכה, (96%) למרות שכ - 4% נספגים בקרקע בבורות ספיגה. המערכת הפיזית הכוללת צינורות, משאבות, מסכים ותעלות המשמשת להזרמת שפכים ומי ביוב ממקורם לנקודת הטיפול או הסילוק - נקראת ביוב.
בניגוד למי שופכין (המכונים גם "מים שחורים"), מים אפורים הם נוזלים שאין בהם הפרשות אדם (כגון ממכונות כביסה, מדיחי כלים, כיורים, מקלחות ואמבטיות רחצה) ואשר ניתן לעשות בהם שימוש חוזר, כולל הזרמה אל מכלי ההדחה של האסלה, שטיפת רצפות והשקיית גינה, במטרה לחסוך במים שפירים ובעלותם הכספית.
הקמתם והפעלתם של מכוני טיהור השפכים (מט"שים) הוא באחריותן של הרשויות המקומיות ותאגידי הביוב. הפיקוח, הבקרה והאכיפה הם תחת אחריותו של המשרד להגנת הסביבה.
בור ספיגה הינו בור שנכרה באדמה ומשמש לפינוי השפכים (עומק ממוצע של 1-2 מטר וברדיוס של 0.5 מטר). שימוש בבורות ספיגה הופך לפחות ופחות נפוץ בישראל, תוך שהם משמשים בעיקר מקומות שטרם התחברו למערכת הביוב הארצית. החסרון העיקרי של בורות הספיגה הוא שמבורות אלו מחלחלים שפכים אל הקרקע ומי התהום וגורמים לזיהום הקרקע ולפגיעה במי התהום.
נכון לשנת 2008, בישראל מופקים 500 מלמ"ק קולחין מדי שנה, כאשר כ-70% מושבים לשימוש בחקלאות בעזרת מכוני טיהור השפכים.